বিভিন্ন উদ্ভিদের মধ্যে সামগ্রিক অঙ্গসংস্থানিক বৈশিষ্ট্যের উপর ভিত্তি করে যেসব শ্রেণিবিন্যাস রচিত হয়েছে, সেগুলোকে প্রাকৃতিক শ্রেণিবিন্যাস বলে। এক্ষেত্রে উদ্ভিদের পুষ্পচরিত্র, অন্তর্গঠন, ভ্রূণচরিত্র প্রভৃতি বৈশিষ্ট্যে সাদৃশ্যযুক্ত উদ্ভিদেরা একই গ্রুপে থাকে কিন্তু এরা তাদের উৎপত্তি ও বিবর্তন এর দিক থেকে সম্পর্কযুক্ত নাও হতে পারে। যেমন- অ্যাডানসন, ল্যামার্ক, ডি.জুঁসিয়ে, ডি. ক্যান্ডল, বেনথাম ও হুকারের শ্রেণিবিন্যাস পদ্ধতি।
