স্থির বিন্যাসের বেশকিছু সুবিধা থাকা সত্ত্বেও এর কিছু অসুবিধাও আছে। নিম্নে স্থির বিন্যাসের এসকল অসুবিধা আলোচনা করা হলোঃ
১. অত্যধিক স্থাপনা ব্যয়ঃ স্থির বিন্যাস একটি ব্যয় বহুল বিন্যাস। কারণ এ বিন্যাসে যন্ত্রপাতিসমূহ কর্মস্থলে পরিবহন করে নিয়ে যাওয়া হয় এবং স্থাপন করা হয়, যা অত্যন্ত ব্যয় বহুল।
২. দক্ষ কর্মীর অভাবঃ স্থির বিন্যাসের কার্যক্ষেত্র অত্যন্ত সীমিত। যেমনঃ জাহাজ নির্মাণ, তেল উত্তোলন, কয়লা উত্তোলন ইত্যাদি। সারা বিশ্বেই এসকল ক্ষেত্রে দক্ষ শ্রমিকের বড়ই অভাব দেখা যায়।
৩. সময় সাপেক্ষঃ ব্যয়ের পাশাপাশি স্থির বিন্যাসে প্রচুর পরিমাণে সময় ব্যয় হয়। কারণ কর্মস্থলে প্রয়োজনীয় উপকরণ নিয়ে যাওয়ার জন্য কোন কোন ক্ষেত্রে অধিক সময়ের প্রয়োজন হয়।
৪. সীমিত প্রয়োগ ক্ষেত্রঃ সকল ক্ষেত্রে স্থির বিন্যাস প্রয়োগ করা যায় না। তাই এরূপ বিন্যাসের ক্ষেত্রে নানাবিধ সমস্যা দেখা দেয়।
৫. ব্যবহার অযোগ্য মেশিনপত্রঃ কোন কর্মসূচি শেষ হয়ে গেলে তার সাথে জড়িত মেশিনপত্রগুলো একেবারেই ব্যভহার অযোগ্য হয়ে পড়ে। ফলে এরূপ অবস্থায় প্রতিষ্ঠান বড় ধরনের আর্থিক ক্ষতির সম্মুখীন হয়।
