একই প্রজাতিভুক্ত প্রাণীদের মধ্যে বিরাজিত পার্থক্যের জন্য উক্ত প্রজাতির প্রাণীদের মধ্যে যে ভিন্নতা বা বৈচিত্র্যের বিকাশ ঘটে তাকে অন্তঃপ্রজাতিক ভিন্নতা বলে। একই প্রজাতিভুক্ত মানুষ (Homo sapiens) এর অন্তর্ভূক্ত ইউরোপিয়ান শ্বেতাঙ্গ মানুষ এবং আফ্রিকান কৃষ্ণাঙ্গ মানুষের মধ্যে অন্তঃপ্রজাতিক পার্থক্য রয়েছে। যেমন- গায়ের বর্ণ, চুলের বর্ণ ও আকৃতি ইত্যাদি।
